2021年1月由国家科技部批准建设。实验室聚焦我国农产品质量安全重大科学技术问题,立足国际农产品质量安全学科前沿,围绕农产品质量安全过程控制、农产品质量安全危害因子污染机理、农产品质量安全风险评估3个研究方向开展重大基础、应用基础研究和关键技术创新,以我国东部沿海地区主要优势和特色农产品为对象,围绕农产品生产中有害生物流行机制与预测预警、有害生物致害机制与抗性种质创新、基于动植物健康的绿色防控理论与技术、化学污染物污染农产品机理、有害微生物污染农产品机理、农产品主要污染物的生态毒理、农产品营养评价与功能因子挖掘、农产品产地溯源与真伪识别、农产品质量安全风险评估与标准九个重点开展深入研究。