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应用海洋生物技术教育部重点实验室于2005年9月由教育部批准建设，建设投入2000万元。实验室从浙江省经济、科技和社会发展的实际需要出发，结合国内外海洋生物技术领域的发展现状和最新趋势，依托宁波大学现有的学科基础和优势，以海洋生物活性物质和水产品高值化、海洋生物基因资源的研究与开发、海水养殖生物优良种苗的繁育和种质保存、海洋环境保护与生物修复为主要研究内容。实验室经过两年的建设于2008年2月正式通过教育部的验收，并正式向社会开放运行。